Les guildes magiques sont des associations. Elles proposent différentes tâches aux magiciens, allant de la recherche d'un objet à l'attaque en règle. Lucy, une jeune fille, rêve de devenir magicienne. Un jour, elle rencontre Natsu, un magicien maîtrisant le feu, ce dernier l'invite alors à rejoindre sa guilde. Il s'agit de la célèbre Fairy Tail, le sujet de tous les rêves de Lucy. Mais celle-ci est bien mystérieuse et semble être à l'origine de nombreux scandales.

Dans l'univers des guildes de magiciens, une seule rassemble les éléments les plus incontrôlables, la Fairy Tail ! Dans celle-ci, on retrouve, Natsu le manipulateur du feu, Happy le chat, Grey le magicien exhibitionniste, Loki le séducteur et Kanna l'alcoolique... Lucy, la constellationniste, débute... Pour sa première mission, elle fait équipe avec Natsu et Happy. Le client serait... un voleur ?!

Eligoal, le dirigeant d'Eisen Wald, s'est échappé en emportant la maléfique Lullaby ! Le son de cette flûte entraîne une mort immédiate pour tous ceux qui l'entendent ! Quelles sont les revendications du chef de cette guilde clandestine et qu'est-ce qui le pousse à commette un tel massacre ?! Le mystère reste entier... Mais les membres de Fairy Tail sont déjà sur l'affaire, parmi eux, Natsu, Grey et Erza. Bref, les meilleurs éléments de la guilde (?) partent au combat ! Bien évidemment, ils sont accompagnés de Lucy et Happy !

Au premier étage de Fairy Tail se trouve le tableau des petites annonces pour les boulots dangereux ! On les appelle les "S-Quest". Il n'y a que cinq personnes capables de les accomplir mais Natsu, Lucy et Happy décident de relever le défi ! Les commanditaires de cette annonce sont les habitants d'une île qui se transforment en démons sous l'influence de la Lune. La seule solution est de lever ce sortilège... en détruisant la Lune ! Rien que ça ?!